Hải quan điện tử là hình thức khai báo hải quan bằng cách sử dụng phần mềm được cài trên máy tính. Doanh nghiệp sẽ điền các thông tin cần thiết trong mẫu tờ khai hải quan và dữ liệu tờ khai này sẽ được truyền qua mạng internet tới cơ quan hải quan.